بدأ التفكير في إنشاء فرع لجامعة فؤاد الأول بمدينة الإسكندرية حتى يكون امتدادا لها ونواة لجامعة مستقلة فيما بعد، وبناءاً عليه وافق مجلس جامعة فؤاد الأول في جلسته بتاريخ 4 أغسطس 1938 على إنشاء الفرع، وصدق مجلس الوزراء على القرار في في 6 أغسطس 1938، وتم استئجار قصر «زرفوداكي» بمنطقة باكوس ليكون مقرًا للفرع، وبدأت الدراسة فيه يوم السبت 15 أكتوبر 1938 بكليتين فقط هما كلية الآداب وكلية الحقوق، وفي سنة 1941 تم إنشاء كلية الهندسة، وفي 2 أغسطس 1942 صدر المرسوم الملكي رقم 32 بإنشاء جامعة فاروق الأول بالإسكندرية، ونص المرسوم على أن تشمل الجامعة كلية الآداب، كلية الحقوق، كلية الطب، كلية العلوم، كلية الهندسة، كلية الزراعة، كلية التجارة، وغير ذلك من الكليات والمعاهد التي يجوز أن تنشأ فيما بعد بقانون، وبلغ عدد طلاب الجامعة في عام إنشائها ألفًا ومائة وواحد وسبعين طالبًا، منهم ألف ومائة وثلاثة وثلاثون طالبًا وثمانٍ وثلاثون طالبة، أما أعضاء هيئة التدريس فبلغ عددهم مائة وأربعة وثلاثين عضوًا، وبلغ عدد العاملين واحدًا وتسعين موظفًا.

اتخذت كلية الحقوق الجديدة من مبنى مدرسة العباسية الثانوية بمحرم بك، وفي أغسطس 1942 أنشئت كلية الزراعة بمدينة دمنهور، وفي سنة 1945 تم إنشاء متحف كلية الاداب، وكذلك تأسيس مدرسة طب الأسنان باعتبارها أحد أقسام كلية الطب، وتم نقل كلية الحقوق إلي مبني مدرسة «الليتوريا» بالشاطبي لتتقاسمه مع كلية الزراعة والمكتبة العامة، وفي سنة 1947 انتقلت كلية الزراعة إلي الإسكندرية ومنذ ذلك اليوم وهي في مكانها الحالي، وفي سنة 1952 ومع قيام ثورة 23 يوليو تم تغيير اسم الجامعة لتصبح «جامعة الإسكندرية»، وفي سنة 1954 تم إنشاء المعهد العالى للتمريض تحت إشراف كلية الطب، وفي سنة 1955تم إنشاء معهد للتربية الرياضية بأبي قير، وفي سنة 1957تم إنشاء كلية الفنون، وفي سنة 1972 أنشأت جامعة الإسكندرية مركز الدراسات العليا والبحوث، بالاشتراك مع هيئة اليونسكو والبرنامج الإنمائي للأمم المتحدة، وفي سنة 1975 تم إنشاء كلية الطب البيطري بمدينة إدفينا، وفي سنة 1980 تم إنشاء فرع للجامعة في مدينة دمنهور بمحافظة البحيرة وبدأ بكلية التربية.

في سنة 1983 تم إنشاء معهد الدراسات العليا والبحوث، وفي سنة 1988 تم إنشاء كلية التربية النوعية، وفي سنة 1989 تحولت فروع الكليات التابعة لجامعة حلوان في الإسكندرية إلى الجامعة وهي التربية الرياضية للبنين والتربية الرياضية للبنات والفنون الجميلة والزراعة في سابا باشا، وكذلك تم إنشاء كلية رياض الأطفال بالإسكندرية، وفي سنة 1991 تم إنشاء كلية التربية بمدينة مرسى مطروح كنواة لفرع الجامعة بمحافظة مطروح، وفي سنة 1994 تم تحويل المعهد العالى للتمريض إلى كلية للتمريض، وفي سنة 1998 تم ضم كلية رياض الأطفال لجامعة الإسكندرية، وفي 2010 تم إنشاء فرع جامعة الإسكندرية بمدينة انجمينا عاصمة تشاد ويضم كليتي الزراعة والصيدلة، وفي 2014 تم إنشاء الفرع الثاني للجامعة الإسكندرية بمدينة جوبا عاصمة جنوب السودان ويضم كليات الزراعة والطب البيطرى والتمريض والتربية، وفي نفس العام تم إنشاء كلية الدراسات الاقتصادية والعلوم السياسية، وفي سنة 2019 تم إنشاء كلية الحاسبات وعلوم البيانات، والبدأ في إنشاء الجامعة الدولية للجامعة بمدينة برج العرب الجديدة، وفي سنة 2021 تم البدأ في إنشاء الجامعة الأهلية.